Zezé, nieprzeciętnie wrażliwy i inteligentny chłopiec z bardzo ubogiej rodziny, chroni się w świecie fantazji przed otaczającą go brutalną rzeczywistością brazylijskiej prowincji lat 30-tych XX wieku. Jego jedynym przyjacielem staje się tytułowe drzewko pomarańczowe. Zwierza mu się ze swych nieszczęść oraz opowiada o dziecięcych psotach i figlach. Pewnego dnia niewinne dzieciństwo zostaje na zawsze przerwane przedwczesnym doświadczeniem bólu i tęsknoty.